Эта работа считается одним из шедевров живописи эпохи раннего Возрождения. Искусствоведы впервые обратили на нее внимание в XVIII веке. Тогда еще ничего не было известно ни об обстоятельствах, сопутствовавших ее написанию, ни о том, когда и по чьему заказу она была создана. Загадочным представлялось и содержание картины. До сих пор не разгадано «назначение» трех фигур на переднем плане картины.
Согласно распространенной в Урбино старинной версии, в центре здесь изображен сводный брат герцога Федериго да Монтефелътро. Его окружают члены городского совета Урбино, приговорившего его к смертной казни в 1444 году. Если это действительно так, то образ казненного художник связывает с образом Христа. Заслуживает внимания и гипотеза сэра Джона Поуп-Хеннесси, предложенная им в 1986 году. Суть ее заключается в том, что фигура в красной рубахе — это святой Иероним. Таким образом, бичевание Христа — это вовсе не бичевание Христа, а мечты святого о мученичестве.
В любом случае, главная идея «Бичевания Христа» заложена почти наверняка в трех фигурах на переднем плане, поскольку и Спаситель, и его истязатели отодвинуты на задний план.