В основе сюжета картины — античный миф о том, что души героев и любимцев богов находят последний приют на уединенном острове. Остров мертвых омывают пустынные зеркальные воды подземной реки Ахерон, через которую лодочник Харон переправляет души усопших.
Историки искусства, конечно же, задавались вопросом о том, какой именно остров вдохновил Беклина. Отвесные светлые скалы «Острова мертвых» очень напоминают ландшафты вулканических Понтинских островов и рифы Фаральони близ берегов Капри, которые Беклин мог видеть во время путешествия в Неаполь.
Нельзя не вспомнить и остров-кладбище Сан Микеле близ Венеции, куда тела усопших переправляют в гондолах и где высятся такие же темные, упирающиеся в небо «траурные кипарисы», как на картине Беклина. Эти символизирующие вечную жизнь деревья традиционно сажают в Италии на кладбищах, в монастырях и возле церквей.
Но каким бы островом ни вдохновлялся Беклин, ему удалось отрешиться от натуры и передать главное — этот остров с вырубленными в скалах склепами и маленькой пристанью не принадлежит земной жизни, он находится в ином, недоступном живущим пространстве. Лодка с перевозчиком, облаченной в саван фигурой и саркофагом не нарушает своим скольжением безмолвия этого призрачного мира, меланхоличного и лишенного живого дыхания, но по-своему прекрасного.