При короле Фердинанде Арагонском усилилось влияние инквизиции. В апреле 1484 года в Тарасоне кортесы Арагонского королевства, на тайном совете, состоявшем из призванных королем лиц, должность главного инквизитора Кастильского королевства была предоставлена Томасу Торквемаде. Томас Торквемада назначил инквизиторами Сарагосской епархии брата Гаспара Хуглара, доминиканского монаха, и доктора Педро Арбуеса д’Эпилу, каноника митрополичьей церкви.
Королевский указ предписывал провинциальным властям оказывать им помощь Новые инквизиторы в течение мая и июня осуществили несколько публичных и торжественных аутодафе и передали светскому суду несчастных обвиняемых, которые и были сожжены. Эти казни все более и более раздражали новохристиан Арагонского королевства, которые ожидали вскоре увидеть возобновление среди них сцен, происходивших в Кастилии, где трибунал, установленный всего три года назад, погубил уже под управлением фанатичных монахов и священников тысячи жертв.
Арагонцы увидели, что все их усилия воспрепятствовать учреждению среди них инквизиции тщетны, и решили пожертвовать одним или двумя инквизиторами, чтобы устрашить других. Они были убеждены, что после этого события более не будет сомнений насчет народного настроения, что никто не дерзнет стать инквизитором, и сам король откажется от своего первоначального намерения из боязни мятежных движений, могущих разразиться в Кастилии и Арагоне. «Когда проект убийства заговорщиками был одобрен, стали искать убийц, чтоб отделаться от доктора Педро Арбуеса д’Эпилы, главного инквизитора Сарагосы. Их покушения несколько раз не удавались. Педро Арбуес, извещенный об этом намерении, принял предосторожности, чтобы менее подвергаться опасности.
Чтобы обезопасить себя от ударов убийц, инквизитор носил кольчугу под одеждой и нечто вроде железного шлема, прикрытого круглым колпаком. В момент убийства в митрополичьей церкви он стоял на коленях у одной из церковных колонн, где теперь находится аналой для апостола; рядом с ним стоял его фонарь, а толстая палка была прислонена к колонне. 15 сентября 1485 года после одиннадцати часов вечера, в то время, как каноник в алтарной части церкви читал утренние молитвы, Хуан д’Эспераиндео, вооруженный шпагой, приблизившись к нему, нанес ему сильный удар лезвием по левой руке. Видаль д’Урансо, предупрежденный Хуаном д’Абадиа, что надо бить в шею, нанес ему сзади удар, разорвавший закрепу головной брони, и сделал такую глубокую рану на голове, что инквизитор умер от нее спустя два дня, то есть 17 сентября. Слух о его смерти распространился по городу уже накануне» «Фердинанд сумел извлечь выгоду из этого события для исполнения своих намерений.
Политический расчет внушил ему, как и Изабелле, мысль почтить память Арбуеса с некоторого рода торжественностью, что сильно способствовало тому, чтобы выдать его за святого и окружить его особым культом в церквах. Это случилось гораздо позже, когда папа Александр VII 17 августа 1664 года причислил Арбуеса к лику блаженных, как мученика за веру. А в свое время ему воздвигли великолепную гробницу, и его тело было в нее положено 8 декабря 1487 года. «