Какую бы славу ни принесли Карраччи его «языческие» росписи Палаццо Фарнезе, но большую часть работ он писал все же на традиционные религиозные сюжеты. С 1584 по 1595 год он создал довольно много больших алтарных образов, демонстрирующих постепенный рост мастерства. После 1595 года художник написал сравнительно немного религиозных картин.
Будучи занятым росписью галереи Фарнезе, он находил время лишь для небольших работ. Одним из шедевров этого периода стало полотно «Три Марии у гроба Господня» . Впоследствии эту «несравненную», по словам одного из биографов мастера, картину приобрел английский король Карл I.
Кроме того, к римскому периоду относится несколько триптихов, включая такую выразительную работу, как «Снятие с креста» . В конце жизни Карраччи вновь начал создавать композиции для больших алтарных образов, но писать их перепоручал своим ученикам.