Одно из наиболее известных произведений Эль Греко позднее полотно «Сошествие Святого Духа» . Динамичная композиция развертывается снизу вверх, что характерно для позднего периода творчества Эль Греко.
Особого внимания заслуживает характерный для позднего Эль Греко тип судорожного движения, как бы от пропущенного заряда электрического тока; структура образа строится на сопоставлении движения и застылости, оцепенелости и одухотворенности, беспредельности и замкнутости. Однако внешне эффектная картина написана словно с холодным сердцем и не производит сильного впечатления.
Эль Греко не отступает от традиционного изображения евангельского сюжета сошествия Святого Духа. Также традиционно Дух Святой изображен в виде голубя. Центральное место в композиции занимает Мария, благоговейно возведшая глаза вверх, в окружении остальных учеников Христа. В узкой темной каморке, сбившиеся в тесный кружок, в скорби и гонениях, они остались верны повелению Господа «не отлучаться из Иерусалима», где они подвергались наибольшей опасности от тех, кто распял их Учителя. Но свершилось величайшее чудо — сила Святого Духа почила на каждом из них, явившись в виде огненных языков.
Предполагают, что второй справа апостол — автопортрет Эль Греко. Это же лицо фигурирует на заднем плане в картине «Обручение Богоматери», вероятно, последнего произведения мастера.
Существует также предположение, что картина «Сошествие Святого Духа» была доработана другим художником, быть может, Хорхе Мануэлем, сыном Эль Греко.