В конце 1480-х годов религиозные образы интимного, камерного плана сменяются в творчестве Боттичелли композициями масштабными, словно обращенными к более массовой аудитории. Если в 1484-1489 годах Боттичелли, кажется, доволен самим собой и безмятежно переживает период славы и мастерства, то «Алтарь Сан-Марко » свидетельствует уже о смятении чувств, о новых тревогах и надеждах. Сила воздействия этой живописи в значительной мере обусловлена трактовкой небесного видения, насыщенного религиозно-символическими мотивами с апокалиптической окраской. Они навеяны проповедями Савонаролы во Флоренции, которые вскоре привели к политическому перевороту, закончившемуся изгнанием Медичи в 1494 году.
В решении тем теперь все больше звучат иные интонации, оно наполняется резким драматическим звучанием. Сам формат произведений Сандро этого периода на религиозные мотивы носит укрупненный характер, что придает им новую значительность. Характерный пример этого типа композиций — алтарь Сан-Марко, один из самых ярких произведением Боттичелли.
Флорентийская Гильдия ювелиров отвечала за содержание и украшение доминиканской церкви Сан Марко, одна из капелл церкви была посвящена их покровителю Святому Элигию. Алтарный образ «Коронование Марии с ангелами, Евангелистом Иоанном и Святыми Августином, Иеронимом и Элигием», известный под названием алтарь Сан Марко, написанный Боттичелли около 1488-1492 годов, предназначался для этой капеллы. Тот факт, что алтарный образ был заказан ювелирами, объясняет использование большого количества золота в этом произведении. Золотой фон в верхней части картины разграничивает небесный и земной мир, однако, они все же вступают контакт в пространстве картины, такая трактовка была необычной для произведений того времени.
Центральная часть алтаря отмечена архаическими чертами: фигуры ангелов и святых резко различаются по масштабу; фантастическая ниша, в которую заключена сцена коронования, контрастирует с более реалистической трактовкой пространственного окружения четырех главных персонажей. В окружении ликующих ангелов, Бог-Отец и Богородица восседают на небесных престолах, под их ногами — ковер из облаков. Боттичелли мастерски вписывает небесное сияние от их фигур в полукруглую верхнюю часть картины, которая согласовывается с куполообразной архитектурой капеллы.
Четыре монументальные фигуры святых расположились полукругом на лугу, на фоне пейзажа с озером и холмистыми берегами. Апостол Иоанн, автор Евангелия, Посланий и Апокалипсиса, изображенный с поднятой вверх раскрытой книгой, выступает в композиции посредником между созерцателями видения и фантастическим коловращением ангелов вокруг радужной арки из херувимом и серафимов, окаймляющей сцену Коронования Марии. Явление ангелов на фоне золотых лучей, в ослепительном сиянии, среди дождя роз и земной пейзаж с его скалами и пустынным лугом, на котором стоят святые, кажется, подчеркивают контраст между фантасмагорической притягательной небесной реальностью и тяготами мира материального.
В изображении ангелов много взволнованности, клятвенный жест Св. Иеронима дышит уверенностью и достоинством. В то же время здесь ощущается некоторый отход от «совершенства пропорций». Нарастает напряженность, относящаяся, впрочем, исключительно к внутреннему миру персонажей и потому не лишенная величия, усиливается резкость цвета, становящегося все более независимым от светотени.