В живописи Бальдунга берет верх эта последняя сторона его творчества. Главное его живописное произведение — большой многостворчатый алтарь собора во Фрейбурге, еще сравнительно спокойный, с симметрично построенной средней частью совершенно лишен пространственности и перегружен фигурами.
Сильная сторона живописи Бальдунга — искрящиеся, горящие краски, которые сливаются в яркие, насыщенные цветовые аккорды. Свойственные большинству его картин причудливость композиции, повышенная экспрессия фигур, подчеркнутая выразительность жестикуляции в произведениях последних двадцати лет его жизни, таких, как «Избиение св. Стефана», 1522, Страсбург; «Две колдуньи», 1523, Франкфурт; «Аллегория тщеславия», 1529, перерастают в неприкрытую манерность.