Екатерина, знавшая Ивана Ивановича Бецкого с самого приезда своего в Россию, приблизила его к себе, оценила его образованность, изящный вкус, его тяготение к рационализму, на котором и сама воспиталась. В дела государственные Бецкой не вмешивался и влияния на них не имел; он отмежевал себе особую область — воспитательную.
Указом 3 марта 1763 г. на него было возложено управление Академией Художеств, при которой он устроил воспитательное училище, а 1 сентября того же года был обнародован манифест об учреждении московского воспитательного дома По мысли Бецкого, в Петербурге было открыто «воспитательное общество благородных девиц» , вверенное его главному попечению и руководству.
В 1765 г. он был назначен шефом сухопутного шляхетного кадетского корпуса, для которого составил устав на новых началах. В 1773 г., по плану Бецкого и на средства Прокопия Демидова, было учреждено Воспитательное коммерческое училище для купеческих детей. Вверив Бецкому руководство всеми учебными и воспитательными заведениями, Екатерина одарила его большими богатствами, значительную долю которых он отдавал на дела благотворительности и особенно на развитие воспитательных учреждений.
В качестве директора канцелярии строений Бецкой много способствовал украшению Петербурга казенными постройками и сооружениями; самыми крупными памятниками этой стороны его деятельности остались монумент Петру Великому, гранитная набережная Невы и каналов и решетка Летнего сада. Державин почтил его память одой, в которой, перечисляя его заслуги, говорил: «Луч милости был, Бецкой, ты». Эти слова высечены и на надгробном его памятнике.